Pokłosie zarówno Levely, jak i nalotu na Onigashimę, a także wymazanie królestwa Lulusia, powodują poważne zmiany na całym świecie, które mogą doprowadzić do globalnej wojny. Piraci Słomkowego Kapelusza, podążając za swoim Log Pose, docierają na tajemniczą, futurystyczną wyspę Egghead, gdzie rezyduje super geniusz Dr Vegapunk. Jednak po otrzymaniu informacji o badaniach Vegapunka nad Wiekiem Pustki, Rząd Światowy decyduje się wysłać zespół CP0, aby zabić Vegapunka. Zdrada i intrygi ze wszystkich stron prowadzą do oblężenia wyspy przez Marine, które przerodzi się w incydent, który wstrząśnie całym światem.