Lelouch alias Zero staat met zijn rug tegen de muur: niet alleen is zijn kleine zusje Nunnally, die alles voor hem betekent, ontvoerd en zijn voormalige beste vriend Suzaku negeert al zijn hulpkreten, ook de Orde van de Zwarte Ridders lijkt te zijn langzaam het vertrouwen in hun leider verliezen. Lelouchs hoop om zijn vader, de keizer, omver te werpen, vervaagt. De enige optie die hem rest in dit alles-of-niets-politieke schaakspel is het verslaan van het imperium dat hij van binnenuit haat. Maar in deze laatste beslissende strijd zal hij niet alleen het hoofd moeten bieden aan zijn tirannieke vader, maar ook aan zijn moeder, waarvan men dacht dat ze dood was, en Nunnally, die zich heeft afgekeerd van Lelouch...