I resti di un evaso vengono ritrovati in una fogna ma l'esame delle condutture, indica che l'omicidio è avvenuto all'interno della prigione. Brennan insiste nel volersi occupare del caso nonostante Booth le chieda di prendersi del tempo per riposare. I due rimangono scioccati dall'arrivo imprevisto e poco ortodosso della loro piccolina.