Profesor Charles Xavier dan timnya yang terdiri dari para pahlawan super berbakat secara genetik menghadapi gelombang sentimen anti-mutan yang dipimpin oleh Kolonel William Stryker. Storm, Wolverine, dan Jean Grey harus bergabung dengan musuh bebuyutan mereka—Magneto dan Mystique—untuk menggagalkan rencana Stryker untuk membasmi semua mutan.