Elfie et quatre autres pilotes rejoignent l'organisation de Terra et intègrent le bataillon Alpha. Les forces de coalition quant à elles y dépêchent Isshiki. Alors qu'Elfie est en danger en combattant un Dolem, elle est sauvée de justesse par le Rahxephon qui encaisse le rayon d'énergie à sa place. Ayato est en danger et c'est alors qu'il aperçoit...